16 Mayıs 1919 günü Bandırma vapuru ile İstanbul'dan hareket eden Mustafa Kemal Paşa, 19 Mayıs 1919 sabahı Samsun'da Anadolu topraklarına ayak bastı. Kendisinin Anadolu'ya gönderiliş gerekçesi, "Samsun ve çevresindeki asayişsizliği yerinde görüp incelemek ve tedbir almak"tan ibaretti. Hükûmete verilen İnqiliz raporlarında, bu bölgede Türklerin, Rumlara karşı gerilla hareketine giriştikleri ve bölgenin asayişini bozdukları bildirilmekte ise de durum tam tersine idi. Bu bölgede, Pontus Rum Devleti kurma amacına yönelik geniş bir Rum faaliyeti vardı. Baskı gören Rumlar değil, Türklerdi. Rum Patrikhanesinden idare edilen Mavri Mira Cemiyeti bu bölgede kurduğu çeteler vasıtasıyla Türk köylerini basıyor, katliamlar yapıyor, yerli halkı yıldırmak istiyordu. Bu girişimlere karşı vatansever Türkler de mukabil çeteler oluşturmuşlar; bölge Rumları ile mücadeleye başlamışlardı. Bütün bu gerçeklere rağmen Mustafa Kemal Paşa'ya verilen talimat gereğince bölge Türklerinin direnmeleri önlenecekti. Mustafa Kemal Paşa, görevi kabul için Ordu Müfettişliği sıfatı ve geniş salâhiyetler istedi. İstanbul Hükûmeti bu istekleri de kabul etti.
Saray ve İstanbul Hükümeti, Mustafa Kemal Paşa'nın bu görevi yapacağını zannetmişti. Oysaki Mustafa Kemal'in düşünceleri tamamen başka idi. Ama bu görev, kuşkuları çekmeksizin Anadolu ya geçmek için değerlendirilmesi gereken bir fırsattı. Kendisine verilen yetkileri de, geri alınıncaya kadar milletin menfaatleri adına kullanmak vicdanî bir davranış idi. Esasen olayların akışı da kısa zamanda bunu ispatlayacaktı. Mustafa Kemal Paşa İstanbul'dan ayrılmadan önce başta sadrazam olmak üzere kabine azalarının hemen hepsi ile ve en sonunda Padişahla görüşmüştü. Fakat bu kişilerin hiçbirinde memleketi içinde bulunduğu badireden kurtaracak bir enerji, bir ümit ışığı görmemiş, görememişti. İstanbul Hükümetinin ve Padişahın davranışlarında İtilâf Devletlerini gücendirmemek görüşünün ağır ezikliğini hissetti. Oysaki onların kararlarına uymak değil, karşı koymak lâzımdı. İşte Anadolu'ya bu gaye ile gidiyordu. Mustafa Kemal Paşa'nın İstanbul'dan ayrılırken yakın arkadaşlarına söylediği şu sözler bu bakımdan büyük önem taşımaktadır: "Düşman süngüsü altında milli birlik olamaz. Ancak hür vatan topraklarında memleketin istiklâli ve milletin hürriyeti için çalışılabilir. Bu gayeyi tahakkuk ettirmek üzere Anadolu'ya gidiyorum".
Mustafa Kemal Paşa, Anadolu'ya geçer geçmez planını uygulamaya başladı. 21 Mayıs 1919'da Kâzım Karabekir'e çekti. Telgrafta bu davranışını şöyle belirtiyordu: "Umumî durumumuzun aldığı vahim şekilden pek müteessirim. Millet ve memlekete borçlu olduğum en son vicdani vazifeyi yakından müşterek çalışma ile en iyi şekilde yerine getirmek mümkün olacağı kanaati ile bu son memuriyeti kabul ettim".
Mustafa Kemal Paşa, Samsun'a çıktıktan 2 gün sonra, 21 Mayıs 1919'da Genelkurmay Başkanlığı'na Samsun ve çevresindeki asayişsizliğin sebeplerini açıklayan ne İstanbul Hükûmetinin ne de İtilâf Devletleri temsilcilerinin hoşlanmadığı şu telgrafı çekti: "Rumlar bu bölgede, Pontus Hükümeti teşkili gibi bir safsata etrafında toplanmış ve Rum çeteleri hemen kâmilen siyasi bir şekle dönüşmüştür". 22 Mayıs 1919'da Samsun'dan Sadaret'e gönderdiği raporu da şu cümle ile noktaladı: "Millet birlik olup hâkimiyet esasını, Türklük duygusunu hedef almıştır". Bu anlamlı ifadede Anadolu'da beliren Milli Mücadele azmini sezmemek mümkün değildir. İşte bu raporlar İstanbul'a geldikten sonradır ki İtilâf Devletleri temsilcileri İstanbul Hükümetinden sordu: "Tanınmış bir Türk generalinin Anadolu'da ne işi vardır?" Bunun üzerine İstanbul Hükûmeti, Anadolu'ya gönderdiği müfettişi geri çağırma girişimlerine başladı.
Artık Anadolu'da başlayan Millî Mücadele, liderini bulmuş, dağınık ve bölgesel mukavemetler bir bayrak altında toplanmaya başlamıştı. Bunun ilk örneğini 22 Haziran 1919'da Mustafa Kemal imzasıyla Amasya'dan bütün memlekete duyurulan bir tamimde görüyoruz. Bu genelgede kutsal bir ses işitiliyordu: "Vatanın bütünlüğü, milletin istiklâli tehlikededir. Milletin istiklâlini yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır". Bu cümleler Milli Mücadele'nin örgütlü olarak fiilen başladığının onun imzası ile bütün cihana ilânı idi. Bu genelge diğer bir maddesiyle beliren millî tehlike karşısında izlenecek ilk yolu da belirtiyordu: "Her vilâyetten seçilecek milletin güvenini kazanmış delegelerle, Anadolu'nun en emin yeri olan Sivas'ta derhal bir millî kongre toplanacaktır".
Mustafa Kemal Paşa, Amasya Tamimi adıyla ünlü bu genelgesini yaptıktan sonra Erzurum'a geçmek üzere 27 Haziran 1919'da halkın sevinç gösterileri arasında Sivas'a geldi. Şehirde kaldığı 1 günlük süre içinde, Erzurum Kongresi'ni takiben Sivas'ta yapılacak Kongre için ilgililere gerekli direktifleri vererek Erzurum'a hareket etti. Atatürk, 3 Temmuz 1919 günü Erzurum'a geldi. Kendisi der ki "Benim Erzurum'a gelişim, bütün milletin ateşten bir çember içine alınmış olduğu bir zamana tesadüf etti. Bütün millet bu çemberin içinden nasıl çıkılacağını düşünmekte idi". O, Ilıca önlerinde Erzurumlular tarafından coşkun bir şekilde karşılandığı zaman Çukurova da muhacir olarak bulunup Erzurum'a dönen ihtiyar Mevlüt Ağa ile aralarında geçen konuşma, bu ateşten çember içinden mutlaka çıkılması gerektiği fikrini Atatürk'te daha da perçinledi. İhtiyar, fakat dinç Mevlüt Ağa'ya Mustafa Kemal Paşa sordu:" - Çukurova gibi verimli bir memleketten niye döndün? Yoksa geçinemedin mi?" Mevlût Ağa derhal cevap verdi: "- Hayır Paşam, geçimimiz çok rahattı. Son günlerde işittim ki İstanbul'daki ırzıkırıklar, bizim Erzurum'u Ermenilere vereceklermiş. Geldim ki göreyim, bu namertler kimin malını kime veriyorlar? Bu sözler, milletle beraber, millet için çalışmak üzere Erzurum' a gelen Mustafa Kemal Paşa'yı çok duygulandırmış, gözlerini yaşarmıştı. Etrafındakilere döndü ve : "-Bu milletle neler yapılmaz".
Atatürk, Erzurum'a gelişinden 5 gün sonra, 8-9 Temmuz 1919'da "Sine-i millette bir ferd-i mücahit" olarak çalışmak üzere çok sevdiği askerlik mesleğinden ve görevinden istifa etti. Artık bir millet ferdi olarak, milletten kuvvet, kudret ve ilham alarak tarihi vazifesine devam ediyordu.